अलाहाबाद उच्च न्यायालयाने मदरसा कायदा असंवैधानिक आणि धर्मनिरपेक्षतेच्या विरोधात असल्याचे सांगत तो रद्द केला होता. दरम्यान अलाहाबाद उच्च न्यायालयाच्या निर्णयाला सर्वोच्च न्यायालयाने स्थगिती दिली आहे. मदरसा संचालकांनी दाखल केलेल्या अर्जावर सुनावणी करताना सर्वोच्च न्यायालयाने हा निर्णय दिला आहे.
सरन्यायाधीश डीवाय चंद्रचूड यांच्या नेतृत्वाखालील तीन न्यायाधीशांच्या खंडपीठाने या प्रकरणी केंद्र सरकार आणि उत्तर प्रदेश सरकारला नोटीस बजावली. न्यायमूर्ती जेबी परडीवाला आणि न्यायमूर्ती मनोज मिश्रा यांचाही या खंडपीठात समावेश होता. मदरसा बोर्डाचे उद्दिष्ट नियामक आहे. अलाहाबाद उच्च न्यायालयाने मदरसा शिक्षण मंडळाची स्थापना धर्मनिरपेक्षतेच्या विरोधात आहे असे म्हणणे प्रथमदर्शनी योग्य नाही, असे न्यायालयाने म्हटले आहे.
गेल्या आठवड्यात अलाहाबाद उच्च न्यायालयाच्या लखनौ खंडपीठाने उत्तर प्रदेश सरकारला मदरशातील विद्यार्थ्यांना सामान्य शाळांमध्ये हस्तांतरित करून त्यांना प्रवेश घेण्याचे आदेश दिले होते. सरकारला धार्मिक शिक्षणासाठी मंडळ स्थापन करण्याचा अधिकार नाही. याशिवाय, सरकार शालेय शिक्षणासाठी असे कोणतेही मंडळ स्थापन करू शकत नाही ज्यामध्ये केवळ विशिष्ट धर्म आणि त्याची मूल्ये शिकवली जातात, अलाहाबाद उच्च न्यायालयाच्या खंडपीठाने म्हटले होते.
उच्च न्यायालयाच्या या निर्णयाविरोधात मदरसा अजीजिया इजाजुतुल उलूमचे व्यवस्थापक अंजुम कादरी यांनी सर्वोच्च न्यायालयात याचिका दाखल केली होती. यापूर्वी २२ मार्च रोजी अलाहाबाद उच्च न्यायालयाच्या लखनौ खंडपीठाने यूपी मदरसा कायदा २००४ असंवैधानिक ठरवून रद्द केला होता. यानंतर योगी सरकारने यूपीमध्ये चालवल्या जाणाऱ्या सुमारे १६ हजार मदरशांची मान्यता रद्द केली होती. मात्र आता सर्वोच्च न्यायालयाने मदरसा चालकांना मोठा दिलासा दिला आहे. मदरशांच्या निधीचा प्रश्नही वेळोवेळी उपस्थित झाला आहे.