२००८ च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणी मुंबई उच्च न्यायालयाने मृतांच्या कुटुंबीयांनी दाखल केलेली याचिका स्वीकारली आहे. यासोबतच, न्यायालयाने राष्ट्रीय तपास यंत्रणेला (NIA) आणि विशेष एनआयए न्यायालयाने निर्दोष मुक्त केलेल्या सातही आरोपींना नोटीस बजावली आहे.

२९ सप्टेंबर २००८ रोजी नाशिक जिल्ह्यातील मालेगाव शहरातील एका मशिदीजवळ झालेल्या या बॉम्बस्फोटात सहा जणांचा मृत्यू झाला होता आणि १०० हून अधिक जण जखमी झाले होते. या प्रकरणाचा सुरुवातीचा तपास महाराष्ट्र एटीएसने (ATS) केला होता, जो नंतर २०११ मध्ये एनआयएकडे सोपवण्यात आला.

न्यायमूर्ती ए. एस. गडकरी आणि न्यायमूर्ती आर. आर. भोसले यांच्या खंडपीठाने या प्रकरणाची सुनावणी केली आणि सांगितले की, यावर सहा आठवड्यांनंतर पुन्हा सुनावणी होईल. एनआयए आणि निर्दोष सुटलेल्या सातही जणांसह सर्व प्रतिवादींना नोटीस बजावण्यात आली आहे.

९ सप्टेंबर रोजी, पीडित कुटुंबांनी विशेष एनआयए न्यायालयाच्या निर्णयाला आव्हान देणारी याचिका दाखल केली होती. या निर्णयात साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकूर आणि लेफ्टनंट कर्नल प्रसाद पुरोहित यांच्यासह सर्व आरोपींना निर्दोष मुक्त करण्यात आले होते.

कुटुंबीयांचा आरोप आहे की, तपासात अनेक त्रुटी होत्या आणि एनआयएने केलेल्या तपासामुळे फिर्यादी पक्षाचा खटला कमजोर झाला. विशेष न्यायालयाने 'दोषी ठरवण्यासाठी ठोस पुरावे नाहीत' असा निष्कर्ष काढला होता. मात्र, पीडित कुटुंबाने यावर आक्षेप घेतला आहे. त्यांच्या मते, कटाच्या प्रकरणांमध्ये अनेकदा परिस्थितीजन्य पुराव्यांवरच अवलंबून राहावे लागते.

कुटुंबीयांनी एनआयएच्या विशेष सरकारी वकिलांच्या कामकाजावरही आक्षेप घेतला आहे. आरोपींविरोधातील खटला कमजोर करण्यासाठी त्यांच्यावर दबाव होता, असा आरोप त्यांनी केला आहे. तपासावर प्रभाव टाकण्यात आला आणि महत्त्वपूर्ण पुराव्यांकडे दुर्लक्ष करण्यात आले किंवा ते चुकीच्या पद्धतीने हाताळण्यात आले, असेही याचिकेत म्हटले आहे.

या प्रकरणात फिर्यादी एजन्सी असलेल्या एनआयएने अद्याप अपील दाखल केलेले नाही.

१७ वर्षांच्या प्रदीर्घ तपासानंतर आणि शेकडो साक्षीदारांच्या सुनावणीनंतर, एनआयए विशेष न्यायालयाने सातही आरोपींना 'बेकायदेशीर हालचाली (प्रतिबंध) कायदा' (UAPA), 'शस्त्र कायदा' आणि इतर सर्व आरोपांतून निर्दोष मुक्त केले होते. न्यायालयाने ३२३ फिर्यादी आणि ८ बचाव पक्षाच्या साक्षीदारांची साक्ष नोंदवल्यानंतर हा निकाल दिला होता.

न्यायाधीश अभय लोहाटी म्हणाले होते, "फिर्यादी पक्षाने हे सिद्ध केले की मालेगावात स्फोट झाला, पण बॉम्ब त्या विशिष्ट मोटरसायकलमध्ये ठेवला होता, हे सिद्ध करण्यात ते अपयशी ठरले."

न्यायालयाने हेही नमूद केले होते की, काही वैद्यकीय प्रमाणपत्रांमध्ये फेरफार करण्यात आली होती. जखमींची संख्या १०१ नसून केवळ ९५ होती आणि त्यातही फेरफार होती. प्रसाद पुरोहित यांच्या घरात स्फोटके जमा केल्याचा किंवा तयार केल्याचा कोणताही पुरावा नाही, असेही न्यायालयाने म्हटले होते.

न्यायालयाने पुढे सांगितले होते, "पंचनामा करताना तपास अधिकाऱ्याने घटनास्थळाचा कोणताही नकाशा बनवला नाही. कोणतेही फिंगरप्रिंट्स, डंप डेटा किंवा इतर पुरावे गोळा केले गेले नाहीत. नमुने दूषित झाले होते, त्यामुळे अहवालांवर विश्वास ठेवता येणार नाही." 'अभिनव भारत' संघटनेतील कथित भूमिकेबद्दल, न्यायालयाने म्हटले होते की, संघटनेचा निधी दहशतवादी कारवायांमध्ये वापरल्याचा कोणताही पुरावा नाही.